AVRマイコンを使うための開発環境について説明します。
ATMEL STUDIO
ATMEL社の純正の統合開発環境が無料で使うことが出来ます。WindowsPCにインストールします。C言語、アセンブラでプログラミングすることが出来ます。ターゲットの回路との接続は、ISP（In-System Programmer)を使う。例ではAtmel社純正のAVRISPmkIIを使っています。ISPとPCの接続はUSBケーブルで、ターゲットとの接続はISPの６芯ケーブルで行います。ATMEL STUDIOはプログラムのコンパイル、アップロードの他に、AVRマイコンチップのフューズビットの設定を行うことが出来ます。フューズビットを書き換えることで、クロックの分周を行うかどうか、外付け発振子の有無などを設定することが出来ます。
Arduino IDE
プログラミング及びプログラムのアップロードにArduino IDEを利用することが出来ます。Windows以外にMacOSX、Linuxでも開発を行うことが出来ます。ArduinoIDEは0.22でサポートしていることを確認しています。1.00では動作しませんでした。ArduinoIDEを使うことで、Arduino言語が使えること、豊富なライブラリーが利用できることから、プログラミングが容易になり、開発期間を短縮することも出来るでしょう。
ターゲットとの接続はISPを利用します。フューズビットの書き換えはATMEL STUDIOを利用するのが良いでしょう。マイコンの初期設定（フューズビット）のまま使うのであればATMEL STUDIOを使うことは無いでしょう。